Étude sur les espèces aquatiques patrimoniales
la moule perlière (Margaritifera margaritifera L., Mollusque) qui est ici en limite de répartition et qui était présente sur une grande majorité d’affluents il y a quelques années encore sources : G. Cochet ; l’écrevisse à pieds blancs (Austropotamobius pallipes Lereboullet, Crustacé) qui doit « partager » son territoire avec les écrevisses américaines ; le chabot (Cottus gobio L., poisson Cottidae), bio-indicateur de la qualité des eaux. 
Le Plan d'actions test
Dans la continuité du programme mené par le laboratoire d'écologie des hydrosystèmes, un programme test porté par le syndicat et le CPIE de Haute-Auvergne a été lancé entre 2008 et 2009 sur la Châtaigneraie cantalienne et le Ségala.
Le programme test a permis d’améliorer sensiblement les connaissances sur ces populations avec près de 90 km de cours d’eau étudiés en partenariat avec l'Onema, les fédérations de pêche du Cantal et du Lot et les techniciens de rivière.
Des résultats encourageants ont été obtenus pour le chabot. Des populations de moules perlière ont également été retrouvées. Toutefois, leur reproduction est perturbée et leur avenir reste incertain. Les écrevisses à pieds blancs ne sont plus présents que sur quelques ruisseaux et subissent la progression des espèces exotiques (écrevisse de Californie en particulier). Ce programme a aussi révélé la présence d'autres espèces patrimoniales dont la conservation présente un fort enjeu à l'échelle régionale, nationale ou européenne (sonneur à ventre jaune, agrion de Mercure...).
Les espèces aquatiques patrimoniales sont des sentinelles de nos rivières : elles témoignent de la qualité de l’eau et des milieux aquatiques. Les protéger revient à protéger la ressource en eau et des usages tels que la production d’eau potable.
Observatoire des espèces aquatiques remarquables
Cet « observatoire » a pour vocation d’améliorer les connaissances sur la répartition et l’état des populations et des habitats d’espèces protégées et menacées listées dans le SDAGE Adour-Garonne (disposition C51 : moule perlière, écrevisse à pattes blanches…) auxquelles s’ajoutent spécifiquement sur le bassin du Célé, le chabot, le sonneur à ventre jaune, la lamproie de Planer, l'agrion de Mercure. Il s’agit aussi de poursuivre le suivi de « stations de références » et, à partir du résultat de ces recherches, d’engager des actions de préservation. La sensibilisation et la communication auprès des gestionnaires et du grand public se traduisent par des rencontres, des sorties sur le terrain, l’animation de stands ou l’édition de lettres d’information.
La Cellule d'Assistance Technique du bassin du Célé
Vous êtes gestionnaire de parcelles en bord d'un cours d'eau abritant des espèces aquatiques remarquables, comment la CAT Célé peut vous aider ?
des visites sur vos parcelles, pour répondre à vos questions sur la gestion des bords de cours d'eau ;
le conseil technique : diagnostics écologique et agricole, travail en concertation et aide à la définition des objectifs et modes de gestion ;
l’assistance à la maîtrise d’œuvre lorsque des travaux s’avèrent nécessaires : rédaction du cahier des charges, appui administratif et recherche des financements éventuels, suivi des travaux, suivi annuel des sites
des échanges d’expériences : visites de sites, journées techniques, lettres d’information